Anders dan normaal moeten tomaten op kamertemperatuur worden bewaard, dat wil zeggen in een voorraadkast of een fruitschaal op de keukentafel.
Het is nooit aan te raden tomaten in de koelkast te bewaren. Hoewel koud weer de houdbaarheid van sommige voedingsmiddelen kan verlengen, kan het ook de eigenschappen ervan op ongewenste manieren veranderen, wat vooral schadelijk is voor tomaten.
Als tomaten in de koelkast worden bewaard, kunnen ze hun sappige consistentie en donkerrode kleur verliezen. Bovendien kan er sprake zijn van een vermindering van de aanwezige voedingsstoffen, zoals antioxidanten.
De koelkast of vriezer moet alleen worden overwogen voor tomaten die al erg rijp zijn en op het punt staan te bederven, zodat ze nog een paar dagen versheid krijgen. Onder deze omstandigheden zijn tomaten echter beter geschikt voor gebruik in tomatensaus.