Ten slotte ontstaan bij de verwerking van soja-eiwit, met name bij hoge temperaturen, toxines zoals lysinoalanine, een stof die celhypertrofie in de nieren kan veroorzaken. Andere varianten, zoals gehydrolyseerde soja, worden gebruikt als smaakversterkers en brengen vergelijkbare risico’s met zich mee. Interessant is dat Aziatische landen, die grote sojaconsumenten zijn, over het algemeen de voorkeur geven aan gefermenteerde varianten. Deze zijn beter verdraagbaar en voedzamer, en vaak vrij van genetische modificaties, in tegenstelling tot de ultrabewerkte, ongefermenteerde varianten die elders worden geconsumeerd.
Het wijdverbreide gebruik van getextureerde plantaardige eiwitten en soja-isolaten in moderne diëten, vaak gedreven door vervangingskeuzes of vegetarische diëten, roept vragen op over de veiligheid van deze sterk bewerkte producten en hun mogelijke langetermijneffecten op de menselijke gezondheid.